K.H. OESMAN MANSOER
Rektor Pertama
Periode 1981 – 1985 & 1985 – 1989

Prof. Dr. KH. M. Tholchah Hasan
Rektor Kedua
Periode 1989 – 1993 & 1993 – 1998

Prof. Dr. Achmad Sodiki, S.H.
Rektor Ketiga
Periode 1998 – 2002 & 2002 – 2006

Dr. Ir. Abdul Mukri Prabowo, M.Agr.Sc. (alm.)
Rektor Keempat
Periode 2006 – 2010

Prof. Dr. Drs. H. Surahmat, M.Si.
Rektor Kelima

Periode 2010 – 2014

Prof. Dr. H. Maskuri, M.Si.
Rektor Keenam
Periode 2014 – 2018 & 2018 – 2022

Prof. Drs. Junaidi, M.Pd., Ph.D.
Rektor Ketujuh
Periode 2024 – 2028